Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta pada Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, mendorongnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top di Amerika Serikat, meskipun memiliki prestasi tinggi di sekolah menengahnya.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Rumah kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Perlu dicatat, selama masa itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
